bioinfo@ird.fr

Tutoriaux – How to utiliser le reseau infiniband pour le transfert de données

Tutoriel Infiniband

Description Utiliser le réseau Infiniband pour transférer ses sonnées
Auteur Ndomassi TANDO
Date de création 02/02/2024
Date de modification 07/03/2025

Utiliser les noeuds infiniband pour des transferts plus rapides:

Rôle de l'Infiniband :

Le réseau Infiniband(192.168.4.0) permet aux utilisateurs d'avoir accès à un réseau haut débit pour transférer leurs données depuis le san vers les nodes et inversement ou entre les noeuds infiniband  .

Seulement certains noeuds dans la liste ci-dessous sont équipés d'infiniband pour le moment : 

node partitions CPU RAM total (Gb) RAM by CPU (Gb/cpu) scratch size (To)
node0 normal 24 144 6 13
node1 normal 24 144 6 2
node4 normal 72 257 4 13
node5 normal 88 516 6 13
node7 normal 24 145 6 3
node8 long 24 48 2 13
node9 normal 64 144 2 13
node11 runner 24 48 2 3
node17 normal 48 144 3 13
node20 normal 20 64 3 13
node21 normal 24 144 6 13
node24 normal 20 64 3 13
node25 supermem 40 1 032 26 14
node26 gpu 24 192 8 14
node27 normal 24 144 6 14

Réserver un noeud Infiniband:

Pour utiliser le réseau infiniband, il suffit d'ajouter le suffixe -ib à l'alias de la machine à connecter, par exemple san deviendra san-ib et node0 deviendra node0-ib etc ...

Utilisez les options    -p partition ( avec partition la partition du noeud de calcul) --constraint=infiniband pour réserver un ou plusieurs coeurs d'un noeud infiniband. ( cf feature page pour plus d'explications)

Par exemple nous voulons réserver un noeud infiniband sur la partition highmem en mode intéractif, taper la commande suivante:

srun -p highmem --constraint=infiniband --pty bash -i

Vous êtes désormais sur un noeud qui a accès au réseau infiniband, pour l'utiliser, modifiez juste l'alias san en san-ib pour faire vos transferts.

Transfert avec Infiniband:

Il y a 2 syntaxes possibles:

Récupérer des données depuis le san:

scp -r san-ib:path_to_files/file local_destination

Envoyer des données vers le san:

scp -r /local_path_to_files/file san-ib:remote_destination