Trainings 2019 – Admin HPC – module 1 – Installation de logiciels

Installation de logiciels

Description	Types d'installation de logiciels sous Linux (Centos7)
Cours lié	HPC Administration Module1
Auteur	Ndomassi TANDO (ndomassi.tando@ird.fr)
Date de création	23/09/2019
Date de modification	23/09/2019

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Summary

• Les paquets RPM
• Installation à partir des sources
• Installation d'un package python
• Installation via Conda
• Installation de modules Perl
• Logiciels système essentiels
• Links
• License

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Les paquets RPM

Les Rpms sont utilisés pour les distributions de type Centos, Redhat ou fedora.

On peut les installer avec la commande:

$ rpm -ivh rpm_package.rpm

Pour utiliser la commande du dessus, les dépendances du paquet doivent être installées en premier.

Pour éviter d'avoir à lancer cette commande pour toutes les dépendances et si l'on a les rpms des dépendances, on peut directement taper la commande:

$ yum install rpm_package.rpm

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Installation à partir des sources:

Les sources permettent de compiler le logiciel en s'accordant à l'architecture du serveur.

Habituellement, les sources sont compressées dans un tarball.

On doit d'abord décompresser le tarball avec la commande:

$ tar xvfz package.tar.gz

Dans le répertoire des sources se trouvent généralement un README.md ou un INSTALL.md qui explique comment utiliser le logiciel.

Utiliser les lignes suivantes pour compiler le package:

$  cd package/
  $ ./configure --prefix=/PATH_WHERE_TO install it
 $ make                   # do the compilation
 $ make test             # check that the compilation is OK with a set of test files
 $  make install           # to install the binaries to  the precised path

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Installation d'un package python:

Utiliser la commande :

$ pip install python_package 

Depuis les sources, après avoir décompresser le tarball:

$ python setup.py install

Si l'on travaille avec plusieurs versions de python ou sur un cluster, on peut utiliser les environnnements virtuels pour installer un paquet python.

Les environnements virtuels encapsulent un environnement python pour caque packages python pour éviter les interférences avec les autres:

Créer un répertoire pour le paquet python ans /usr/local

$ mkdir /usr/local/python_package-version

Créer l'environnement virtuel:

$ virtualenv venv

Activer l' environnement virtuel pour installer les paquets python:

$     source venv/bin/activate
    pip install package or python setup.py install

Désactiver l'environnement:

$ deactivate

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Installation via Conda:

URL: https://conda.io/docs/

Installer conda avec l'installeur:

$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Une fois conda installé,on peut créer un nouvel environnement et installer un package avec la commande:

$ conda create -n software software

Pour activer un environnement:

$ source activate myenv

Pour désactiver un environnement:

$ source deactivate

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Installation de modules Perl:

Utiliser les commandes suivantes:

$ perl –MCPAN –e shell  
                 > install <Module>[::<Submodule>]

Ou depuis les sources:

$ perl Makefile.PL PREFIX= <INSTALL_PERL_PATH>
$ make
$ make test
$ make install

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Logiciels système essentiels:

Python:

Python est un langage de programmation

URL : https://www.python.org/

Installation :

$ yum install zlib-devel bzip2-devel openssl-devel ncurses-devel sqlite-devel readline-devel tk-devel gdbm-devel db4-devel 
      libpcap-devel xz-devel
 $ wget  https://www.python.org/ftp/python/3.7.1/Python-3.7.1.tar.xz
 $ tar xf Python-3.7.1.tar.xz
 $ cd Python-3.7.1
 $ ./configure --prefix=/usr/local/python-3.7.1 --enable-shared LDFLAGS="-Wl,-rpath /usr/local/python-3.7.1/lib"
 $ make
 $ make altinstall

Ajouter /usr/local/python-3.7.1 au path :

$ echo  'export PATH=$PATH:/usr/local/python-3.7.1/bin' >>/etc/profile
$ echo  'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/python-3.7.1/lib' >>/etc/profile
$ echo  'export PYTHONPATH=/usr/local/python-3.7.1/bin' >>/etc/profile
$ source /etc/profile

Usage :

$ python3 + arguments

Perl:

Perl 5 est un langage de programmation

URL : https://www.perl.org/about.html

Installation :

$ wget  https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.28.1.tar.gz
$ tar xvfz perl-5.28.1.tar.gz
$ cd perl-5.28.1
$ ./configure -des -Dprefix=/usr/local/perl-5.28.1
$ make test
$ make install

Ajouter /usr/local/perl-5.28.1 au path :

$ echo  'export PATH=$PATH:/usr/local/perl-5.28.1/bin' >>/etc/profile
$ echo  'export PERL5LIB=$PERL5LIB:/usr/local/perl-5.28.1/lib/perl5' >>/etc/profile
$ source /etc/profile

Usage :

     perl + scripts

Perlbrew (optional):

perlbrew est un outil de gestion d'installation perl admin-free perl installation .

L'outil permet de gérer plusieurs installations de perl.

URL : https://perlbrew.pl/

Installation :

$ export PERLBREW_ROOT=/usr/local/perlbrew-0.84
      \wget -O - https://install.perlbrew.pl | bash

Ajouter /usr/local/perl-5.28.1 au path :

$ echo  'export PATH=$PATH:/usr/local/perlbrew-0.84' >>/etc/profile

   source /etc/profile

Usage :

# Initialize
           $ perlbrew init

         # See what is available
           $ perlbrew available

        #  Install some Perls
           $ perlbrew install 5.18.2
           $ perlbrew install perl-5.8.1
           $ perlbrew install perl-5.19.9

        # See what were installed
           $ perlbrew list

        # Swith to an installation and set it as default
           $ perlbrew switch perl-5.18.2

        # Temporarily use another version only in current shell.
           $ perlbrew use perl-5.8.1
           $ perl -v

        # Or turn it off completely. Useful when you messed up too deep.
        # Or want to go back to the system Perl.
           $ perlbrew off

        # Use 'switch' command to turn it back on.
           $ perlbrew switch perl-5.12.2

        # Exec something with all perlbrew-ed perls
           $ perlbrew exec -- perl -E 'say $]'

java:

Java est un langage de programmation orienté web.

URL : https://www.java.com/fr/download/linux_manual.jsp

Installation :

Télécharger le tarball depuis l'interface (jre ou jdk)

$ cd /usr/java
$ tar zxvf jre-8u191-linux-x64.tar.gz

Ajouter /usr/java/jre-8u191/ au path :

$ echo  'export PATH=$PATH:/usr/java/jre-8u191/bin' >>/etc/profile
$ echo  'export PATH=$PATH:/usr/java/jre-8u191/lib' >>/etc/profile
$ source /etc/profile

Usage :

$ java -jar + file.jar

gcc:

Gcc est un compilateur pour les systèmes d'exploitation GNU

URL : http://gcc.gnu.org/install/

Installation :

$ wget  ftp://ftp.lip6.fr/pub/gcc/releases/gcc-7.4.0/gcc-7.4.0.tar.gz
 $ tar zxvf gcc-7.4.0.tar.gz
 $ cd gcc-7.4.0
 $ mkdir build
 $ cd build
 $ ../configure --prefix=/usr/local/gcc-7.4.0
 $ make --disable-werror
 $ make install

Ajouter /usr/local/gcc-7.4.0 au path :

$ echo  'export PATH=$PATH/usr/local/gcc-7.4.0/bin' >>/etc/profile
$ echo  'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/gcc-7.4.0/lib' >>/etc/profile
$ source /etc/profile

Bioperl:

Installation

$ cpan
      cpan>d /bioperl/

Choisir la version la plus récente:

cpan>install C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.007001.tar.gz

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Links

• Cours liés : HPC Trainings

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License