HPC Practice
| Description | Exercices pour le Module1 du HPC Admin |
|---|---|
| Cours liés | Module1 HPC Admin |
| Auteur | Ndomassi TANDO (ndomassi.tando@ird.fr) |
| Date de création | 27/09/2019 |
| Date de modification | 27/09/2019 |
Summary
- Exercice 1: Installer centos 7 sur une VM
- Exercice 2: Ajout d'un disque scratch sur un noeud de calcul
- Exercice 3: Installation de logiciels
- Exercice 4: Création de Modulefiles
- Links
- License
Exercice 1: Installer centos 7 sur une VM
Récupérer l'iso de Centos 7 et faire l'installation du système en suivant la procédure
Exercice 2: Ajout d'un disque scratch sur un noeud de calcul
Rajouter physiquement un disque dur le node0.
Formater le disque en xfs.
Monter le disque avec le nom /scratch
Exercice 3: Installation de logiciels
A partir des sources, installer sur le cluster dans /usr/local les logiciels suivants:
- gatk 3.3
- atropos 1.1.14
- picard-tools 1.63
- flash 1.2.11
- cutadapt 1.2.1
- spades 3.13.0
- uclust 1.2.22
- qiime2
- pear 0.9.11
- texlive 2017
- hisat2 2.0.0
- bedtools 2.26.0
- perl 5.24.0
- R 3.6.1
- Rstudio 1.2.5001
- Le package R PIVOT: https://github.com/qinzhu/PIVOT
Exercice 4: Création de Modulefiles
Créer les modulefiles des logiciels installés précédemment
Links
- Cours liés : Module1 HPC Admin
License
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