Formations
Le plateau i-Trop propose chaque année un cycle de formations aux thématiques variées allant de la prise en main d’analyses sur un cluster de calcul (slurm), initiation à linux (niveau débutant ou avancé) à l’analyse de données de séquençage haut début (détection SNP, expression différentielle) ou programmation en Python.
Depuis 2 ans, ces formations sont mutualisées au sein de la plateforme South Green avec des unités associées (UMR ….). Ces formations sont à destination préférentiellement des utilisateurs i-trop et de la plateforme South Green.
Le plateau i-trop dispense également ces cycles de formation en bioinformatique en Afrique et en Asie.
- All
- 2019
- 2021
- Linux
- Coding
- HPC usage
- HPC admin
- Workflow
- NGS
Linux for Dummies
This course offers an introduction to work with Linux.
Linux for Jedi
This course offers to develop and enhance advanced Linux shell command line and scripting skills for the processing and analysis of NGS data.
Python
This course provides an introduction to programming using python.
Perl
This course provides an introduction to programming using Perl.
Workflows manager
This course introduces the 2 commonly used workflow managers in the South Green Bioformatics platform.
Galaxy
This course is an introduction to the Galaxy environment.
TOGGLe
This course introduces TOGGLe (Toolbox for Generic NGS Analyses), a framework to quickly build pipelines and to perform large-scale NGS analysis.
RNAseq
This course offers an introduction to RNASeq analyses using two different workflow management systems: Galaxy and TOGGLe.
Metabarcoding
This course offers an introduction to metabarcoding analyses.
Trinity
Assembling and functionally annotating a de-novo transcriptome from RNA-seq data.
HPC i-Trop
Ce cours est une introduction à l’utilisation du cluster i-Trop.
HPC avancé
This course continue à expliquer comment travailler sur les clusters South Green.
HPC Ouaga
Ce cours permet de s’initier à l’utilisation du cluster de calcul de l’Université Joseph Kizerbo de Ouagadougou.
HPC admin - module 1
Cette formation est destinée à des administrateurs systèmes.
HPC admin - module 2
Cette formation est destinée à des administrateurs systèmes. Elle fait suite au Module1 et apporte des compétences complémentaires.
