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FAQ – FR

FAQ

Il faut utiliser 2 scripts situés dans /opt/scripts/scratch-scripts/

  • Pour voir vos données contenues dans les /scratchs des noeuds:

sh /opt/scripts/scratch-scripts/scratch_use.sh et suivre les instructions

  • Pour supprimer vos données contenues dans les /scratchs des noeuds:

sh /opt/scripts/scratch-scripts/clean_scratch.sh et suivre les instructions

 


Vos données contenues dans les espaces temporaires /scratch des noeuds sont automatiquement supprimées au bout de 45 jours sur les noeuds de la partition long.

Sur les noeuds des autres partitions, vos données contenues dans les espaces temporaires /scratch des noeuds sont automatiquement supprimées au bout de 30 jours.

Pensez malgré tout à supprimer vos données sur les /scratch des noeuds quand elle ne sont plus utilisées.

 


  • Accès

L’accès à la partition GPU est restreint.

Une demande argumentée doit être effectuée par un titulaire de l’une des UMR du plateau ici:

https://itrop.ird.fr/glpi/plugins/formcreator/front/formdisplay.php?id=15

En cas d’acceptation, votre accès est valable 3 mois.

  • Utilisation

Une fois que vous avez été rajouté au  groupe gpu_group, utilisez les options suivantes pour utiliser  la partition gpu:

-p gpu -A gpu_group

Par exemple, pour ouvrir une session interactive sur le noeud 26:

srun -p gpu -A gpu_group


Afin de bien répartir les ressources entre tous, chaque utilisateur a droit de lancer des jobs sur 24 coeurs en même temps.

Si vous avez besoin de davantage de coeurs pour une durée limitée, vous pouvez faire une demande argumentée à bioinfo@ird.fr qui pourra augmenter votre nombre de coeurs temporairement.


Une fois connecté sur bioinfo-master.ird.fr, taper la commande

passwd

Taper le nouveau mot de passe puis taper entrée

Taper une 2e fois le mot de passe puis taper entrée

Le nouveau  mot de passe sera propagé sur toutes les machines du cluster en quelques minutes


Pour nous citer, veuillez s’il vous plaît copier la phrase suivante dans vos publications:

“The authors acknowledge the  ISO 9001 certified IRD itrop HPC (member of the South Green Platform) at IRD montpellier for providing HPC resources that have contributed to the research results reported within this paper. URL: https://bioinfo.ird.fr/- http://www.southgreen.fr”