\n
Summary<\/h3>\n
<\/p>\n
- \n
- Objectifs<\/a><\/li>\n
- Cr\u00e9er son modulefile<\/a><\/li>\n
- Charger le module environment pour lancer des commandes depuis un Conteneur Singularity <\/a><\/li>\n
- Links<\/a><\/li>\n
- License<\/a><\/li>\n<\/ul>\n
\n<\/a><\/p>\n
Objectifs<\/h2>\n
La cr\u00e9ation d'un modulefile va nous permettre de cr\u00e9er des alias de commandes pour lancer des
singularity run<\/code> ou dessingularity exec<\/code>.<\/p>\nAinsi, les utilisateurs ne se rendront pas compte qu'ils utilisent un conteneur Singularity et cela facilitera l'installation des logiciels pour les administrateurs syst\u00e8mes. <\/p>\n
\n<\/a><\/p>\n
Cr\u00e9er son modulefile:<\/h2>\n
Comme vu au Module1: https:\/\/southgreenplatform.github.io\/trainings\/hpc\/installationmodule\/#part-5<\/a><\/p>\n
Nous pouvons cr\u00e9er nos propres environnements logiciels en cr\u00e9ant des modulefiles.<\/p>\n
Pour utiliser les conteneurs singularity dans ces modulefiles, nous allons cr\u00e9er un modulefile classique et c\u00e9re des alias de commandes singularity avec le mot cl\u00e9 set-alias<\/p>\n
Par exemple si l'on veut utiliser le conteneur singularity
bwa-0.7.17.simg<\/code> cr\u00e9\u00e9 pr\u00e9c\u00e9demment, on va cr\u00e9er un modulefile de ce type:<\/p>\n#%Module1.0#####################################################################\n##\n## modules modulefile\n##\n## modulefiles\/modules. Generated from modules.in by configure.\n##\nproc ModulesHelp { } {\n global version modroot\n puts stderr "module [module-info name]"\n}\nmodule-whatis "load the module [module-info name]\nBWA is a program for aligning sequencing reads against a large reference genome (e.g. human genome)\nUse the bwa-0.7.17.simg singularity container"\nconflict bwa\n# On charge le module singularity \nmodule load system\/singularity\/2.4\n# for Tcl script use only\nset version 0.7.17\n# on pr\u00e9ciser comme r\u00e9pertoire de travail l'endroit o\u00f9 sont stock\u00e9s les conteneurs\nset topdir \/usr\/local\/singularity\/conteneurs\/\nset-alias bwa "singularity run $topdir\/bwa-0.7.17.simg "<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Charger le module environment pour lancer des commandes depuis un Conteneur Singularity :<\/h2>\n
Une fois le modulefile cr\u00e9er avec l'alias de commande, il suffit de le charger avec la commande<\/p>\n
$ module load logiciel\/version<\/code><\/pre>\nPuis de lancer l'alias de la commande.<\/p>\n
Par exemple pour lancer un bwa, on charge l'envrionnement<\/p>\n
$ module load bwa\/0.7.17<\/code><\/pre>\nPuis on lance le bwa:<\/p>\n
$ bwa + argument<\/code><\/pre>\nLa commande lanc\u00e9e est en fait:<\/p>\n
$ singularity run \/usr\/local\/singularity\/conteneurs\/bwa-0.7.17.simg + argument<\/code><\/pre>\n
\nLinks<\/h3>\n
- Cr\u00e9er son modulefile<\/a><\/li>\n
![](\"http:\/\/creativecommons.org.nz\/wp-content\/uploads\/2012\/05\/by-nc-sa1.png\"\/)