\n
Summary<\/h3>\n
<\/p>\n
- \n
- Pr\u00e9parer son environnement<\/a><\/li>\n
- Cr\u00e9er un fichier de recette<\/a><\/li>\n
- Construire son conteneur<\/a><\/li>\n
- Tester son conteneur<\/a><\/li>\n
- Links<\/a><\/li>\n
- License<\/a><\/li>\n<\/ul>\n
\n<\/a><\/p>\n
Pr\u00e9parer son environnement<\/h2>\n
Il faut cr\u00e9er sur le cluster dans une partition partag\u00e9e les deux r\u00e9pertoires suivantes:<\/p>\n
- \n
- def: destiner \u00e0 accueillir les fichiers de recettes <\/li>\n
- conteneurs: destiner \u00e0 accueillir les conteneurs Singularity g\u00e9n\u00e9r\u00e9s<\/li>\n<\/ul>\n
On pourra par exemple les cr\u00e9er dans
\/usr\/local\/singularity<\/code>:<\/p>\n$ mkdir \/usr\/local\/singularity\/def\n$ mkdir \/usr\/local\/singularity\/conteneurs<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Cr\u00e9er un fichier de recette:<\/h2>\n
Un fichier de recette est un fichier dans lequel on va \u00e9crire toutes les lignes de commandes n\u00e9cessaires pour cr\u00e9er un conteneur singularity.<\/p>\n
Il s'agit d'un fichier avec l'extension
.def<\/code><\/p>\nOn va en retrouver dans ce fichier plusieurs sections obligatoires:<\/p>\n
l'ent\u00eate<\/h3>\n
Il doit \u00eatre \u00e9crit au d\u00e9but du fichier et donne les informations \u00e0 Singularity sur le syst\u00e8me d'exploitation \u00e0 utiliser dans le conteneur. <\/p>\n
BootStrap<\/code> va determiner l'agent bootstrap agent qui va \u00eatre utilis\u00e9 por cr\u00e9er le syst\u00e8me d'exploitation de base base. <\/p>\nPar exemple,l'agent bootstrap
library<\/code> bootstrap va r\u00e9cup\u00e9r\u00e9r un conteneur de base depuis les ContainerLibrary<\/code>. <\/p>\nl'agent bootstrap
docker<\/code> va lui r\u00e9cup\u00e9rer les couches docker depuis le Docker Hub comme OS de base pour d\u00e9marrer notre image.<\/p>\nLes principaux BootStrap sont les suivants:<\/p>\n
- \n
- library (images h\u00e9berg\u00e9es sur le Container Library)<\/li>\n
- docker (images h\u00e9berg\u00e9es sur Docker Hub)<\/li>\n
- shub (images h\u00e9berg\u00e9es sur Singularity Hub)<\/li>\n
- oras (images des registres OCI)<\/li>\n
- scratch (pour construire des conteneurs from scratch)<\/li>\n<\/ul>\n
Le mot cl\u00e9
From<\/code> permet des choisir l'OS et la version que l'on veut utiliser exemple:From: ubuntu:18.04<\/code><\/p>\nles sections:<\/h3>\n
%labels<\/code>permet de rajouter des metadata au fichier\/.singularity.d\/labels.json<\/code> \u00e0 l'int\u00e9rieur du conteneur. <\/p>\nIl donne des informations g\u00e9n\u00e9rales sur le conteneur et son auteur.<\/p>\n
%help<\/code> permet d'\u00e9crire une aide \u00e0 destination des utilisateurs quand il vont taper la commandesingularity help nom_conteneur.simg<\/code><\/p>\n%environment<\/code>permet de d\u00e9finir des variables d'environnement \u00e0 l'int\u00e9rieur du conteneur. Ces variables seront prises en compte d\u00e8s le build du conteneur.<\/p>\n%post<\/code> dans cette section on va lister les commandes \u00e0 passer \u00e0 l'OS de base. Typiquement c'est l\u00e0 que l'on \u00e9crit les commandes pour installer notre logiciels<\/p>\n%runscript<\/code>dans cette section ce sont les commandes qui font \u00eatre ex\u00e9cuter au lancement du conteneursingularity run mon_conteneur.simg<\/code> ousingularity exec mon_conteneur.simg<\/code>. Quand le conteneur est appele, les arguments suivants le nom du conteneur sont pass\u00e9s en arguments.<\/p>\nExemple de fichier de recette:<\/h3>\n
Ci-dessous un exemple de fichier de recette
bwa-0.7.17.def<\/code>pour la construction du conteneurbwa-0.7.17.simg<\/code><\/p>\nBootStrap: docker\nFrom: ubuntu:18.04\n%labels\nMaintainer Ndomassi Tando - IRD Itrop Cluster, DIADE Unit\nbase.image="ubuntu:18.04"\nversion="1"\nsoftware="bwa"\nsoftware.version="0.7.17"\n%help\nURL: http:\/\/bio-bwa.sourceforge.net\/\nDescription: BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome\nLaunch the command: singularity run bwa-0.7.17.simg + arguments to use bwa\n%environment\nexport PATH=$PATH:\/usr\/local\/bwa-0.7.17\/\n%post\napt-get update\napt-get install -y build-essential wget gcc zlib1g-dev\nmkdir -p \/opt\/sources\/\ncd \/opt\/sources\/\nwget https:\/\/github.com\/lh3\/bwa\/archive\/v0.7.17.tar.gz\ntar xvfz v0.7.17.tar.gz\ncd bwa-0.7.17\nmake\ncp -r \/opt\/sources\/bwa-0.7.17 \/usr\/local\/bwa-0.7.17\nchmod +x -R \/usr\/local\/bwa-0.7.17\n%runscript\nexec \/usr\/local\/bwa-0.7.17\/bwa "$@"<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Construire son conteneur:<\/h2>\n
Une fois le fichier de recette cr\u00e9\u00e9, on va pouvoir le conteneur singularity avec la commande<\/p>\n
$ singularity build nom_conteneur.simg nom_fichier_recette.def<\/code><\/pre>\nexemple pour le conteneur bwa-0.7.17:<\/p>\n
$ singularity build bwa-0.7.17.simg bwa-0.7.17.def<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Tester son conteneur:<\/h2>\n
$ singularity run nom_conteneur.simg<\/code><\/pre>\nPermettra de lancer le runscript du conteneur \u00e0 l'int\u00e9rieur du conteneur.<\/p>\n
Exemple:<\/p>\n
$ singularity run bwa-0.7.17.simg -h<\/code><\/pre>\nlancer la commande bwa -h<\/p>\n
$ singularity exec nom_conteneur.simg commande<\/code><\/pre>\nPermettra de lancer la commande pr\u00e9cis\u00e9e \u00e0 l'int\u00e9rieur du conteneur.<\/p>\n
Exemple:<\/p>\n
singularity exec \/usr\/local\/singularity-2.4\/containers\/bwa-0.7.17.simg cat \/etc\/profile<\/p>\n
Permettra d'afficher le contenu du fichier
\/etc\/profile<\/code>du conteneur<\/p>\n
\nLinks<\/h3>\n
- Cr\u00e9er un fichier de recette<\/a><\/li>\n
![](\"http:\/\/creativecommons.org.nz\/wp-content\/uploads\/2012\/05\/by-nc-sa1.png\"\/)