\n
Summary<\/h3>\n
<\/p>\n
- \n
- Installer les d\u00e9pendances<\/a><\/li>\n
- Installer le langage de programmation Go<\/a><\/li>\n
- T\u00e9l\u00e9charger et installer Singularity 3.X depuis le repo<\/a><\/li>\n
- T\u00e9l\u00e9charger et installer Singularity 2.6<\/a><\/li>\n
- Modifier les Bind path dans Singularity<\/a><\/li>\n
- Links<\/a><\/li>\n
- License<\/a><\/li>\n<\/ul>\n
\n<\/a><\/p>\n
Installer les d\u00e9pendances<\/h2>\n
$ sudo yum update -y && \\\n sudo yum groupinstall -y 'Development Tools' && \\\n sudo yum install -y \\\n openssl-devel \\\n libuuid-devel \\\n libseccomp-devel \\\n wget \\\n squashfs-tools \\\n git<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Installer le langage de programmation Go:<\/h2>\n
Aller sur Download Page<\/a> et choisir l'archive go.1.12.5.linux-amd64.tar.gz<\/p>\n
Lancer les commandes suivantes:<\/p>\n
# T\u00e9l\u00e9charger l'archive\n wget https:\/\/dl.google.com\/go\/go1.12.5.linux-amd64.tar.gz\n # Extraire l'archive dans \/usr\/local\n sudo tar -C \/usr\/local -xzvf go1.12.5.linux-amd64.tar.gz<\/code><\/pre>\nMettre en place votre environnement pour Go avec les commandes suivantes:<\/p>\n
# Cr\u00e9er la variable GOPATH dans \/etc\/profile\n echo 'export GOPATH=${HOME}\/go' >> \/etc\/profile\n # Posttionner le PATH avec Go\n echo 'export PATH=\/usr\/local\/go\/bin:${PATH}:${GOPATH}\/bin' >> \/etc\/profile\n # Resource \/etc\/profile pour prendre e compte les modifs\n source \/etc\/profile<\/code><\/pre>\nPour Singularity > v3.0.0, on a aussi besoin d'installer
dep<\/code> pour la r\u00e9solution de d\u00e9pendances<\/p>\ngo get -u github.com\/golang\/dep\/<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
T\u00e9l\u00e9charger et installer singularity depuis le repo:<\/h2>\n
T\u00e9l\u00e9charger le code source de singularity avec:<\/p>\n
go get -d github.com\/sylabs\/singularity<\/code><\/pre>\nOn obtient un warning mais \u00e7a t\u00e9l\u00e9charge quand m\u00eame le code source de Singularity dans le r\u00e9pertoire appropri\u00e9 dans
$GOPATH<\/code><\/p>\n# aller dans le r\u00e9pertoire singularity\n cd ~\/go\/src\/github.com\/sylabs\/singularity\/ \n # lancer la commande mconfig ( avec --prefix=path pour fixer le r\u00e9pertoire d'installation)\n .\/mconfig --prefix=\/usr\/local\/singularity\n # Compiler dans le r\u00e9pertoire de build \n make -C .\/builddir\n # Installer les binaires dans \/usr\/local\/singularity\/bin en tant que superuser\n sudo make -C .\/builddir install<\/code><\/pre>\nTaper les commandes suivantes dans \/etc\/profile pour permettre la completion dans Singularity:<\/p>\n
. \/usr\/local\/etc\/bash_completion.d\/singularity\n # resourcer \/etc\/profile\n source \/etc\/profile<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
T\u00e9l\u00e9charger et installer singularity 2.6:<\/h2>\n
$ sudo yum update && \\\n\n$ sudo yum groupinstall 'Development Tools' && \\\n\n$ sudo yum install libarchive-devel squashfs-tools\n\n$ git clone https:\/\/github.com\/sylabs\/singularity.git\n\n$ cd singularity\n\n$ git fetch --all\n\n$ git checkout 2.6.0\n\n$ .\/autogen.sh\n\n$ .\/configure --prefix=\/usr\/local\/singularity-2.6\n\n$ make\n\n$ sudo make install<\/code><\/pre>\n
\n<a name="part-5><\/a><\/p>\n
Modifier les Bind path dans Singularity<\/h2>\n
Les bind path sont les partitions de l'h\u00f4te qui sont directement mont\u00e9es dans un conteneur lorsqu'on le lance.<\/p>\n
Modifier le fichier
\/usr\/local\/singularity\/etc\/singularity\/singularity.conf<\/code><\/p>\nDans la rubrique BIND PATH<\/p>\n
Rajouter les lignes:<\/p>\n
Par exemple:<\/p>\n
bind path = \/opt\nbind path = \/scratch\nbind path = \/data<\/code><\/pre>\nIl faut \u00e9galement activer l'overlay avec la ligne:<\/p>\n
enable overlay = yes<\/code><\/pre>\n
\nLinks<\/h3>\n
- Installer le langage de programmation Go<\/a><\/li>\n
![](\"http:\/\/creativecommons.org.nz\/wp-content\/uploads\/2012\/05\/by-nc-sa1.png\"\/)