\n
Summary<\/h3>\n
<\/p>\n
- \n
- Les paquets RPM<\/a><\/li>\n
- Installation \u00e0 partir des sources<\/a><\/li>\n
- Installation d'un package python<\/a><\/li>\n
- Installation via Conda<\/a><\/li>\n
- Installation de modules Perl<\/a><\/li>\n
- Logiciels syst\u00e8me essentiels<\/a><\/li>\n
- Links<\/a><\/li>\n
- License<\/a><\/li>\n<\/ul>\n
\n<\/a><\/p>\n
Les paquets RPM<\/h2>\n
Les Rpms sont utilis\u00e9s pour les distributions de type Centos, Redhat ou fedora.<\/p>\n
On peut les installer avec la commande:<\/p>\n
$ rpm -ivh rpm_package.rpm<\/code><\/pre>\nPour utiliser la commande du dessus, les d\u00e9pendances du paquet doivent \u00eatre install\u00e9es en premier.<\/p>\n
Pour \u00e9viter d'avoir \u00e0 lancer cette commande pour toutes les d\u00e9pendances et si l'on a les rpms des d\u00e9pendances, on peut directement taper la commande:<\/p>\n
$ yum install rpm_package.rpm<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Installation \u00e0 partir des sources:<\/h2>\n
Les sources permettent de compiler le logiciel en s'accordant \u00e0 l'architecture du serveur.<\/p>\n
Habituellement, les sources sont compress\u00e9es dans un tarball.<\/p>\n
On doit d'abord d\u00e9compresser le tarball avec la commande:<\/p>\n
$ tar xvfz package.tar.gz<\/code><\/pre>\nDans le r\u00e9pertoire des sources se trouvent g\u00e9n\u00e9ralement un README.md ou un INSTALL.md qui explique comment utiliser le logiciel.<\/p>\n
Utiliser les lignes suivantes pour compiler le package:<\/p>\n
$ cd package\/\n $ .\/configure --prefix=\/PATH_WHERE_TO install it\n $ make # do the compilation\n $ make test # check that the compilation is OK with a set of test files\n $ make install # to install the binaries to the precised path<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Installation d'un package python:<\/h2>\n
Utiliser la commande :<\/p>\n
$ pip install python_package <\/code><\/pre>\nDepuis les sources, apr\u00e8s avoir d\u00e9compresser le tarball:<\/p>\n
$ python setup.py install<\/code><\/pre>\nSi l'on travaille avec plusieurs versions de python ou sur un cluster, on peut utiliser les environnnements virtuels pour installer un paquet python.<\/p>\n
Les environnements virtuels encapsulent un environnement python pour caque packages python pour \u00e9viter les interf\u00e9rences avec les autres:<\/p>\n
Cr\u00e9er un r\u00e9pertoire pour le paquet python ans
\/usr\/local<\/code><\/p>\n$ mkdir \/usr\/local\/python_package-version<\/code><\/pre>\nCr\u00e9er l'environnement virtuel:<\/p>\n
$ virtualenv venv<\/code><\/pre>\nActiver l' environnement virtuel pour installer les paquets python:<\/p>\n
$ source venv\/bin\/activate\n pip install package or python setup.py install<\/code><\/pre>\nD\u00e9sactiver l'environnement: <\/p>\n
$ deactivate<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Installation via Conda:<\/h2>\n
URL: https:\/\/conda.io\/docs\/<\/a><\/p>\n
Installer conda avec l'installeur:<\/p>\n
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh<\/code><\/pre>\nUne fois conda install\u00e9,on peut cr\u00e9er un nouvel environnement et installer un package avec la commande:<\/p>\n
$ conda create -n software software<\/code><\/pre>\nPour activer un environnement:<\/p>\n
$ source activate myenv<\/code><\/pre>\nPour d\u00e9sactiver un environnement:<\/p>\n
$ source deactivate<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Installation de modules Perl:<\/h2>\n
Utiliser les commandes suivantes:<\/p>\n
$ perl \u2013MCPAN \u2013e shell \n > install <Module>[::<Submodule>]<\/code><\/pre>\nOu depuis les sources:<\/p>\n
$ perl Makefile.PL PREFIX= <INSTALL_PERL_PATH>\n$ make\n$ make test\n$ make install<\/code><\/pre>\n
\n<\/a><\/p>\n
Logiciels syst\u00e8me essentiels:<\/h2>\n
Python:<\/h3>\n
Python est un langage de programmation<\/p>\n
URL : https:\/\/www.python.org\/<\/a><\/p>\n
Installation :<\/h3>\n
$ yum install zlib-devel bzip2-devel openssl-devel ncurses-devel sqlite-devel readline-devel tk-devel gdbm-devel db4-devel \n libpcap-devel xz-devel\n $ wget https:\/\/www.python.org\/ftp\/python\/3.7.1\/Python-3.7.1.tar.xz\n $ tar xf Python-3.7.1.tar.xz\n $ cd Python-3.7.1\n $ .\/configure --prefix=\/usr\/local\/python-3.7.1 --enable-shared LDFLAGS="-Wl,-rpath \/usr\/local\/python-3.7.1\/lib"\n $ make\n $ make altinstall<\/code><\/pre>\nAjouter
\/usr\/local\/python-3.7.1<\/code> au path :<\/p>\n$ echo 'export PATH=$PATH:\/usr\/local\/python-3.7.1\/bin' >>\/etc\/profile\n$ echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:\/usr\/local\/python-3.7.1\/lib' >>\/etc\/profile\n$ echo 'export PYTHONPATH=\/usr\/local\/python-3.7.1\/bin' >>\/etc\/profile\n$ source \/etc\/profile<\/code><\/pre>\nUsage :<\/h3>\n
$ python3 + arguments<\/code><\/pre>\nPerl:<\/h3>\n
Perl 5 est un langage de programmation <\/p>\n
URL : https:\/\/www.perl.org\/about.html<\/a><\/p>\n
Installation :<\/h4>\n
$ wget https:\/\/www.cpan.org\/src\/5.0\/perl-5.28.1.tar.gz\n$ tar xvfz perl-5.28.1.tar.gz\n$ cd perl-5.28.1\n$ .\/configure -des -Dprefix=\/usr\/local\/perl-5.28.1\n$ make test\n$ make install<\/code><\/pre>\nAjouter
\/usr\/local\/perl-5.28.1<\/code> au path :<\/p>\n$ echo 'export PATH=$PATH:\/usr\/local\/perl-5.28.1\/bin' >>\/etc\/profile\n$ echo 'export PERL5LIB=$PERL5LIB:\/usr\/local\/perl-5.28.1\/lib\/perl5' >>\/etc\/profile\n$ source \/etc\/profile<\/code><\/pre>\nUsage :<\/h4>\n
perl + scripts<\/code><\/pre>\nPerlbrew (optional):<\/h3>\n
perlbrew est un outil de gestion d'installation perl admin-free perl installation .<\/p>\n
L'outil permet de g\u00e9rer plusieurs installations de perl.<\/p>\n
URL : https:\/\/perlbrew.pl\/<\/a><\/p>\n
Installation :<\/h4>\n
$ export PERLBREW_ROOT=\/usr\/local\/perlbrew-0.84\n \\wget -O - https:\/\/install.perlbrew.pl | bash<\/code><\/pre>\nAjouter
\/usr\/local\/perl-5.28.1<\/code> au path :<\/p>\n$ echo 'export PATH=$PATH:\/usr\/local\/perlbrew-0.84' >>\/etc\/profile<\/code><\/pre>\nsource \/etc\/profile<\/code><\/pre>\nUsage :<\/h4>\n
# Initialize\n $ perlbrew init\n\n # See what is available\n $ perlbrew available\n\n # Install some Perls\n $ perlbrew install 5.18.2\n $ perlbrew install perl-5.8.1\n $ perlbrew install perl-5.19.9\n\n # See what were installed\n $ perlbrew list\n\n # Swith to an installation and set it as default\n $ perlbrew switch perl-5.18.2\n\n # Temporarily use another version only in current shell.\n $ perlbrew use perl-5.8.1\n $ perl -v\n\n # Or turn it off completely. Useful when you messed up too deep.\n # Or want to go back to the system Perl.\n $ perlbrew off\n\n # Use 'switch' command to turn it back on.\n $ perlbrew switch perl-5.12.2\n\n # Exec something with all perlbrew-ed perls\n $ perlbrew exec -- perl -E 'say $]'<\/code><\/pre>\njava:<\/h3>\n
Java est un langage de programmation orient\u00e9 web.<\/p>\n
URL : https:\/\/www.java.com\/fr\/download\/linux_manual.jsp<\/a><\/p>\n
Installation :<\/h4>\n
T\u00e9l\u00e9charger le tarball depuis l'interface (jre ou jdk)<\/p>\n
$ cd \/usr\/java\n$ tar zxvf jre-8u191-linux-x64.tar.gz<\/code><\/pre>\nAjouter
\/usr\/java\/jre-8u191\/<\/code> au path :<\/p>\n$ echo 'export PATH=$PATH:\/usr\/java\/jre-8u191\/bin' >>\/etc\/profile\n$ echo 'export PATH=$PATH:\/usr\/java\/jre-8u191\/lib' >>\/etc\/profile\n$ source \/etc\/profile<\/code><\/pre>\nUsage :<\/h4>\n
$ java -jar + file.jar<\/code><\/pre>\ngcc:<\/h3>\n
Gcc est un compilateur pour les syst\u00e8mes d'exploitation GNU<\/p>\n
URL : http:\/\/gcc.gnu.org\/install\/<\/a><\/p>\n
Installation :<\/h4>\n
$ wget ftp:\/\/ftp.lip6.fr\/pub\/gcc\/releases\/gcc-7.4.0\/gcc-7.4.0.tar.gz\n $ tar zxvf gcc-7.4.0.tar.gz\n $ cd gcc-7.4.0\n $ mkdir build\n $ cd build\n $ ..\/configure --prefix=\/usr\/local\/gcc-7.4.0\n $ make --disable-werror\n $ make install<\/code><\/pre>\nAjouter
\/usr\/local\/gcc-7.4.0<\/code> au path :<\/p>\n$ echo 'export PATH=$PATH\/usr\/local\/gcc-7.4.0\/bin' >>\/etc\/profile\n$ echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:\/usr\/local\/gcc-7.4.0\/lib' >>\/etc\/profile\n$ source \/etc\/profile<\/code><\/pre>\nBioperl:<\/h3>\n
Installation<\/h4>\n
$ cpan\n cpan>d \/bioperl\/<\/code><\/pre>\nChoisir la version la plus r\u00e9cente:<\/p>\n
cpan>install C\/CJ\/CJFIELDS\/BioPerl-1.007001.tar.gz<\/code><\/pre>\n
\nLinks<\/h3>\n
- Installation \u00e0 partir des sources<\/a><\/li>\n
![](\"http:\/\/creativecommons.org.nz\/wp-content\/uploads\/2012\/05\/by-nc-sa1.png\"\/)