{"id":470,"date":"2020-11-03T11:57:51","date_gmt":"2020-11-03T10:57:51","guid":{"rendered":"https:\/\/itrop.ird.fr\/wordpress\/?page_id=470"},"modified":"2026-03-13T12:12:44","modified_gmt":"2026-03-13T11:12:44","slug":"howtos-for-hpc-cluster-itrop","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo.ird.fr\/index.php\/tutorials-fr\/howtos-for-hpc-cluster-itrop\/","title":{"rendered":"Tutorials &#8211; HowTos  cluster i-Trop"},"content":{"rendered":"\t\t<div data-elementor-type=\"wp-page\" data-elementor-id=\"470\" class=\"elementor elementor-470\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-section-wrap\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<section class=\"has_eae_slider elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-44bf0fa3 elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default exad-glass-effect-no exad-sticky-section-no\" data-id=\"44bf0fa3\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-row\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"has_eae_slider elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-38f45cc9 exad-glass-effect-no exad-sticky-section-no\" data-id=\"38f45cc9\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-column-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-5ec12d9c exad-sticky-section-no exad-glass-effect-no elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"5ec12d9c\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-text-editor elementor-clearfix\">\n\t\t\t\t<h2>Howtos cluster i-Trop<\/h2>\n<table>\n<thead>\n<tr>\n<th style=\"text-align: left;\">Description<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">HowTos pour le cluster i-Trop<\/th>\n<\/tr>\n<\/thead>\n<tbody>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">Auteur<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Ndomassi TANDO (ndomassi.tando@ird.fr)<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">Date de cr\u00e9ation<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">08\/11\/19<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">Date de modification<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">13\/03\/26<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n\n<hr \/>\n\n<h3>Sommaire<\/h3>\n<!-- TOC depthFrom:2 depthTo:2 withLinks:1 updateOnSave:1 orderedList:0 -->\n<ul>\n \t<li><a href=\"#preambule\">Preambule: Architecture du cluster i-Trop et logiciel \u00e0 installer <\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-12\">How to: Ajouter son couple de cl\u00e9s ssh pour se connecter au cluster<\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-1\">How to: Transfert de fichiers via le sftp de filezilla sur le cluster<\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-2\">How to: Se connecter au cluster via <code>ssh<\/code><\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-3\">How to: R\u00e9server un ou plusieurs coeurs sur un noeud de calcul <\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-4\">How to: Transf\u00e9rer mes fichiers depuis le serveur nas vers les noeuds <\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-5\">How to: Utiliser les Module Environment <\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-6\">How to: Lancer un job avec Slurm <\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-7\">How to: Choisir une partition <\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-9\">How to: Voir ou supprimer vos donn\u00e9es sur les \/scratch des noeuds<\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-10\">How to: Utiliser un conteneur singularity <\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#howto-11\">How to: Citer le plateau dans vos publications<\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#links\">Links<\/a><\/li>\n \t<li><a href=\"#license\">License<\/a><\/li>\n<\/ul>\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"preambule\"><\/a>\n<h3>Pr\u00e9ambule<\/h3>\n<h5>Architecture du cluster i-Trop :<\/h5>\nLe cluster de calcul i-Trop est compos\u00e9 d\u2019un ensemble de serveurs de calcul accessibles via une machine frontale. Les connexions \u00e0 ces serveurs de calculs se font gr\u00e2ce \u00e0 cette machine ma\u00eetre qui assure la r\u00e9partition des diff\u00e9rentes analyses entre les machines disponibles \u00e0 un moment donn\u00e9.\n\nLe cluster de calcul est compos\u00e9 de :\n<ul>\n \t<li>1 machine ma\u00eetre<\/li>\n \t<li>1 baie san permettant un stockage temporaire de donn\u00e9es projet jusqu\u2019\u00e0 800To<\/li>\n \t<li>32 noeuds de calcul CPU d\u2019une capacit\u00e9 totale de 1148 coeurs et 6329Go de RAM et un serveur GPU de 8 cartes graphiques RTX 2080.<\/li>\n<\/ul>\nEn voici l&rsquo; architecture:\n\n<img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/schema_cluster_110923-1024x871.png\" alt=\"\" \/>\n<h5>Se connecter \u00e0 un serveur en ssh depuis une machine Windows<\/h5>\n<table>\n<thead>\n<tr>\n<th style=\"text-align: left;\">Syst\u00e8me<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">Logiciel<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">Description<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">url<\/th>\n<\/tr>\n<\/thead>\n<tbody>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\"><img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/images\/tpLinux\/osWin.png\" width=\"20%\" \/><\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">mobaXterm<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">un terminal avanc\u00e9 pour Windows avec un serveur X11 et un client SSH<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\"><a href=\"https:\/\/mobaxterm.mobatek.net\/\">T\u00e9l\u00e9charger<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\"><img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/images\/tpLinux\/osWin.png\" width=\"20%\" \/><\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">putty<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Putty permet de se connecter \u00e0 un serveur Linux depuis une machine Windows .<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\"><a href=\"https:\/\/www.chiark.greenend.org.uk\/~sgtatham\/putty\/latest.html\">T\u00e9l\u00e9charger<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<h5>Transf\u00e9rer des fichiers depuis son ordinateur vers des serveurs Linux avec SFTP<\/h5>\n<table>\n<thead>\n<tr>\n<th style=\"text-align: left;\">Syst\u00e8mes<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">logiciel<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">Description<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">url<\/th>\n<\/tr>\n<\/thead>\n<tbody>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\"><img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/images\/tpLinux\/osApple.png\" width=\"10%\" \/> <img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/images\/tpLinux\/osLinux.png\" width=\"10%\" \/> <img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/images\/tpLinux\/osWin.png\" width=\"10%\" \/><\/td>\n<td style=\"text-align: left;\"><img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/images\/tpLinux\/filezilla.png\" width=\"20%\" \/> filezilla<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">client FTP et SFTP<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\"><a href=\"https:\/\/filezilla-project.org\/\">T\u00e9l\u00e9charger<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<h5>Voir et \u00e9diter ses fichiers en local ou sur un serveur distant<\/h5>\n<table>\n<thead>\n<tr>\n<th style=\"text-align: left;\">Type<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">Logiciel<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">url<\/th>\n<\/tr>\n<\/thead>\n<tbody>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">Distant, console mode<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">nano<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\"><a href=\"http:\/\/www.howtogeek.com\/howto\/42980\/\">Tutorial<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">Distant, console mode<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">vi<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\"><a href=\"https:\/\/www.washington.edu\/computing\/unix\/vi.html\">Tutorial<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">Distant, graphic mode<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">komodo edit<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\"><a href=\"https:\/\/www.activestate.com\/komodo-ide\/downloads\/edit\">T\u00e9l\u00e9charger<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">Linux &amp; windows \u00e9diteur<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Notepad++<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\"><a href=\"https:\/\/notepad-plus-plus.org\/download\/v7.5.5.html\">T\u00e9l\u00e9charger<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-12\"><\/a>\n<h3>How to : Ajouter son couple de cl\u00e9s ssh pour se connecter au cluster<\/h3>\n<h3><span style=\"color: var( --e-global-color-text ); font-family: var( --e-global-typography-text-font-family ), Sans-serif; font-weight: var( --e-global-typography-text-font-weight ); font-size: 16px;\">Suivre les instructions ici:\u00a0<\/span><a style=\"font-family: var( --e-global-typography-text-font-family ), Sans-serif; font-weight: var( --e-global-typography-text-font-weight ); font-size: 16px;\" href=\"https:\/\/bioinfo.ird.fr\/index.php\/en\/tutorials-howtos-add-ssh-keys\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">https:\/\/bioinfo.ird.fr\/index.php\/en\/tutorials-howtos-add-ssh-keys\/<\/a><\/h3>\n<div><\/div>\n<a name=\"howto-1\"><\/a>\n<h3>How to : Transfert de fichiers via le sftp de filezilla sur le cluster<\/h3>\n<h5>T\u00e9l\u00e9charger et installer FileZilla<\/h5>\n<h5>Ouvrir FileZilla et sauvegarder les acc\u00e8s au cluster i-Trop dans le manager de site<\/h5>\n<img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone size-large wp-image-4080\" src=\"https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/filezilla1-1024x431.png\" alt=\"\" width=\"1024\" height=\"431\" srcset=\"https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/filezilla1-1024x431.png 1024w, https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/filezilla1-300x126.png 300w, https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/filezilla1-768x323.png 768w, https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/filezilla1-1536x647.png 1536w, https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/filezilla1.png 1916w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/>\n\nDans le menu de FileZilla, aller dans <em>File &gt; Site Manager<\/em>. Puis suivre ces 5 \u00e9tapes:\n<ol>\n \t<li>Cliquer sur <em>New Site<\/em>.<\/li>\n \t<li>Ajouter un nom explicite pour ce site.<\/li>\n \t<li>Renseigner l&rsquo;h\u00f4te bioinfo-san.ird.fr<\/li>\n<\/ol>\n<img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone size-full wp-image-4101\" src=\"https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/partition_san.png\" alt=\"\" width=\"605\" height=\"710\" srcset=\"https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/partition_san.png 605w, https:\/\/bioinfo.ird.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/09\/partition_san-256x300.png 256w\" sizes=\"auto, (max-width: 605px) 100vw, 605px\" \/>\n<ul>\n \t<li>Mettre le Logon Type \u00e0 \u00ab\u00a0Normal\u00a0\u00bb et taper vos identifiants de connexion au cluster<\/li>\n \t<li>Choisir le port 22 et appuyer sur le bouton \u00ab\u00a0Connect\u00a0\u00bb.<\/li>\n<\/ul>\n<h5>Transf\u00e8rer des fichiers<\/h5>\n<img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/images\/tpLinux\/tp-filezilla2.png\" width=\"100%\" \/>\n<ol>\n \t<li>Depuis votre ordinateur vers le cluster : faire un glisser-d\u00e9poser d&rsquo;un document depuis la colonne de gauche vers la colonne de droite.<\/li>\n \t<li>Depuis le cluster vers votre ordinateur : aire un glisser-d\u00e9poser d&rsquo;un document depuis la colonne de droite vers la colonne de gauche<\/li>\n<\/ol>\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-2\"><\/a>\n<h3>How to : Se connecter au cluster via <code>ssh<\/code><\/h3>\n<h4><span style=\"font-size: 1.1rem; letter-spacing: 0.0625rem;\">Depuis un ordinateur Windows :<\/span><\/h4>\nAvec mobaXterm:\n<ol>\n \t<li>Cliquer sur le bouton session et cliquer sur SSH.\n<ul>\n \t<li>Dans la case remote host, taper: bioinfo-master1.ird.fr<\/li>\n \t<li>Cocher la case specify username et entrer votre login<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n \t<li>Choisir Advanced SSH settings<\/li>\n \t<li>Cocher la case \u00ab Use private key \u00bb et fournir le fichier de cl\u00e9 id_rsa.ppk de votre ssh-login.zip r\u00e9cup\u00e9r\u00e9 plus t\u00f4t et taper OK<\/li>\n<\/ol>\n<h4>Depuis un ordinateur MAC ou Linux:<\/h4>\nOuvrir l&rsquo;application terminal et taper la commande suivante:\n\n<code>ssh login@bioinfo-master1.ird.fr<\/code>\n\navec login: votre compte cluster\n\n<a name=\"howto-3\"><\/a>\n<h3>How to : R\u00e9server un ou plusieurs coeurs en mode int\u00e9ractif<\/h3>\nLe cluster utilise Slurm (<a href=\"https:\/\/slurm.schedmd.com\/documentation.html\">https:\/\/slurm.schedmd.com\/documentation.html<\/a>) pour g\u00e9rer les analyses des utilisateurs\n\nIl surveille les ressources disponibles (CPU et RAM ) et les alloue aux utilisateurs pour lancer leurs jobs.\n\nEn \u00e9tant connect\u00e9s au cluster, vous avez la possibilit\u00e9 de r\u00e9server un ou plusieurs coeurs des 27 noeuds de calcul disponibles.\n<h4>R\u00e9server un coeur<\/h4>\nTaper la commande suivante:\n\n<code>srun -p short --pty bash -i<\/code>\n\nVous serez connect\u00e9 de mani\u00e8re al\u00e9atoire sur un des noeuds de la partition short avec un coeur r\u00e9serv\u00e9.\n<h4>R\u00e9server plusieurs coeurs \u00e0 la fois<\/h4>\nTaper la commande suivante:\n\n<code>srun -p short -c X --pty bash -i<\/code>\n\nAvec X le nombre de coeurs choisis entre 2 et 12.\n\nVous serez connect\u00e9 de mani\u00e8re al\u00e9atoire sur un des noeuds de la partition short avec X coeurs r\u00e9serv\u00e9s\n<h4>R\u00e9server un coeur sur un noeud sp\u00e9cifique:<\/h4>\nTaper la commande suivante\n\n<code>srun -p short  --nodelist=nodeX --pty bash -i<\/code>\n\nAvec nodeX qui appartient \u00e0 la partition short\n<h4>R\u00e9server une caract\u00e9ristique d&rsquo;un noeud avec l&rsquo;option\u00a0 &#8211;constraint:<\/h4>\nLes Features\/Constraints sur un noeud permettent aux utilisateurs de faire des requ\u00eates sp\u00e9cifiques \u00e0 Slurm. Sur notre cluster, nous avons plusieurs \u00ab\u00a0features\u00a0\u00bb qui d\u00e9pendent de ce que vous souhaitez:\n<table>\n<thead>\n<tr>\n<th style=\"text-align: left;\">Features<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">Description<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">Noeuds<\/th>\n<\/tr>\n<\/thead>\n<tbody>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">512<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds de 512Go dans la partition highmem<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node5, node28,node29,node30<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">avx<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds avec des processeurs avx<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node0, node1, node4, node5, node7, node17, node18, node20, node21, node22, node23, node24, node25, node26, node27, node28, node29, node31<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">BEAST<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds pouvant utiliser BEAST avec beagle<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node4, node7, node28, node29, node30<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">dell<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds de la marque Dell<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node28,node29,node30<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">geforce<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds avec une carte graphique geforce<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node26<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">infiniband<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds avec de l&rsquo;infiniband pour acc\u00e9l\u00e9rer vos transferts de donn\u00e9es<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node0, node1, node4, node5, node7, node8, node11, node17, node20, node21, node22, node24, node25, node26, node27<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">rtx2080<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds gpu avec des cartes rtx2080<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node26<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">xeon<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds avec des processeurs intel xeon<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node0, node1, node5,node8, node10, node11, node12, node13, node14, node15, node16, node17, node18, node20, node21, node22, node23, node24, node25, node27<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">xeon-gold<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Permet de s\u00e9lectionner des noeuds avec des processeurs intel xeon-gold<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node4, node7, node26, node28, node29, node30, node31<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\nPour utiliser une ou plusieurs de ces features, vous devez utiliser l&rsquo;option <code> --constraint<\/code>\n\nPour exemple, pour choisir un noeud avec des processeurs avx, vous taperez:\n\n<code>srun --constraint=avx --pty bash -i<\/code>\n\nPar exemple, pour choisir un noeud avec 512Go de RAM et en infiniband sur la partition highmem, vous taperez:\n\n<code>srun -p highmem --constraint=512,infiniband --pty bash -i<\/code>\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-4\"><\/a>\n<h3>How to : Transf\u00e9rer mes donn\u00e9es depuis le serveur san vers les noeuds<\/h3>\nSur le cluster, chaque noeud a sa propre partition appel\u00e9e \/scratch.\n\n<strong>\/scratch est utilis\u00e9e pour recevoir temporairement les donn\u00e9es \u00e0 analyser, effectuer les analyses et accueillir les r\u00e9sultats<\/strong>\n<strong>Les donn\u00e9es sur les partitions \/scratch sont conserv\u00e9es au maximum 30 jours sauf sur les noeuds de la partition long jusqu&rsquo;\u00e0 45 jours<\/strong>\n<strong>Il est obligatoire de transf\u00e9rer ses donn\u00e9es vers le \/scratch du noeud r\u00e9serv\u00e9 avant de lancer ses analyses.<\/strong>\n\nLes volumes \/scratch volume vont de 1To \u00e0 14To en fonction du noeud choisi.\n\nQuand les analyses sont finies, pensez \u00e0 r\u00e9cup\u00e9rer vos donn\u00e9es.\n<h4>La commande scp :<\/h4>\nPour transf\u00e9rer des donn\u00e9es entre 2 serveurs distants, nous utilisons la commande scp\n\n<code>scp -r source destination<\/code>\n\nIl existe 2 syntaxes possibles:\n<h5>R\u00e9cup\u00e9rer des donn\u00e9es depuis un serveur distant:<\/h5>\n<code>scp -r remote_server_name:path_to_files\/file local_destination<\/code>\n<h5>Transf\u00e9rer des donn\u00e9es vers un serveur distant:<\/h5>\n<code>scp -r \/local_path_to_files\/file remote_server_name:remote_destination<\/code>\n<h4>Description des partitions:<\/h4>\n<h5>Donn\u00e9es utilisateurs<\/h5>\nChaque utilisateur a un volume de 100Go pour h\u00e9berger des donn\u00e9es\n\nCe r\u00e9pertoire personnel est h\u00e9berg\u00e9 dans la partition \/users de bioinfo-san.ird.fr\n\nPar exemple pour l&rsquo;utilisateur test, son r\u00e9pertoire personnel sera \/users\/test\n\n<strong>Attention<\/strong>: Sur bioinfo-master1.ird.fr et les noeuds de calcul, les r\u00e9pertoires \/users\/ et \/home sont \u00e9quivalents. <b>Ce qui n&rsquo;est pas le cas sur bioinfo-master.ird.fr ou \/users et \/home ne sont pas les m\u00eames<\/b>\n<h5>Les partitions projets<\/h5>\n<ul>\n \t<li>\/projects\/medium: h\u00e9berge les projets petits ou temporaires jusqu&rsquo;\u00e0 1To<\/li>\n \t<li>\/projects\/large: h\u00e9berge des des projets classiques de 1 \u00e0 4,9To<\/li>\n \t<li>\/projects\/xl:h\u00e9berge des gros projets de 5 \u00e0 9,9To<\/li>\n<\/ul>\n<h5>La partition share<\/h5>\nla partition \/share est utilis\u00e9e pour h\u00e9berger des banques de donn\u00e9es ou rendre disponible des donn\u00e9es temporaires.\n<h4>Utiliser les noeuds infiniband pour des transferts plus rapides:<\/h4>\n<div><\/div>\n<div>\n<div>\n<div>Le r\u00e9seau Infiniband(192.168.4.0) permet aux utilisateus d&rsquo;avoir acc\u00e8s \u00e0 un r\u00e9seau haut d\u00e9bit pour transf\u00e9rer leurs donn\u00e9es depuis le san vers les nodes et inversement ou entre les noeuds infiniband\u00a0 .<\/div>\n<div><\/div>\n<div>Seulement certains noeuds sont \u00e9quip\u00e9s d&rsquo;infinband pour le moment :\u00a0 node0, node1, node4, node5, node7, node8, node9, node11, node17, node20, node21, node22, node23, node24, node25, node26, node27<\/div>\n<div>Pour utiliser le r\u00e9seau infiniband, il suffit d&rsquo;ajouter le suffixe \u00ab\u00a0-ib\u00a0\u00bb \u00e0 l&rsquo;alias de la machine \u00e0 connecter, par exemple san deviendra san-ib et node0 deviendra node0-ib etc &#8230;<\/div>\n<\/div>\n<div><\/div>\n<div><\/div>\n<div>Utilisez les options\u00a0 \u00a0 -p partition ( avec partition la parttion du noeuds de calcul) &#8211;constraint=infiniband pour r\u00e9server un ou plusieurs coeurs d&rsquo;un noeud infiniband:<\/div>\n<div><\/div>\n<div>Par exemple nous voulons r\u00e9server un noeud infiniband sur la parttiion highmem en mode int\u00e9ractif, taper la commande suivante:<\/div>\n<div><\/div>\n<div><\/div>\n<div><code>srun -p highmem --constraint=infiniband --pty bash -i<\/code><\/div>\n<\/div>\nVous \u00eates d\u00e9sormais sur un noeud qui a acc\u00e8s au r\u00e9seau infiniband, pour l&rsquo;utiliser, modifiez juste l&rsquo;alias san en san-ib pour faire vos transfertsy\n\nIl y a 2 syntaxes possibles:\n<h5>R\u00e9cup\u00e9rer des donn\u00e9es depuis le san:<\/h5>\n<code>scp -r san-ib:path_to_files\/file local_destination<\/code>\n<h5>Envoyer des donn\u00e9es vers le san:<\/h5>\n<code>scp -r \/local_path_to_files\/file san-ib:remote_destination<\/code>\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-5\"><\/a>\n<h3>How to : Utiliser les module Environnement<\/h3>\nModule Environment vous permet de changer dynamiquement vos variables d&rsquo;environnement(PATH, LD_LIBRARY_PATH) et choisir vos versions de logiciels.\nLes logiciels sont divis\u00e9s en 2 environnements logiciels:\n<ul>\n \t<li>bioinfo-itrop: Charge la liste de tous les logiciels de bioinformatiques install\u00e9s par i-Trop<\/li>\n \t<li>bioinfo-shared: Charge la liste des logiciels de bioinformatique fournis par l&rsquo;IFB core cluster<\/li>\n<\/ul>\n<h4>Charger son environnement logiciels pour avoir acc\u00e8s \u00e0 la liste<\/h4>\n&nbsp;\n\n<code>module load bioinfo-itrop ou module load bioinfo-shared<\/code>\n\nAttention si vous souhaitez avoir acc\u00e8s \u00e0 des logiciels situ\u00e9s dans l&rsquo;autre environnement logiciels, il vous faudra vous d\u00e9connecter de l&rsquo;environnement charg\u00e9 avec la commande :\n<p><code> module unload bioinfo-itrop ou module unload bioinfo-shared<\/code><\/p>\n<h4>Afficher les logiciels disponibles<\/h4>\n&nbsp;\n\n<code>module avail<\/code>\n<h4>Afficher la descripton d&rsquo;un logiciel<\/h4>\n<code>module whatis module_name\/version<\/code>\n\navec module_name: le nom du module.\n\nPar exemple : Pour la version 1.7 de samtools:\n\n<code>module whatis samtools\/1.7<\/code>\n<h4>Charger une version de logiciel:<\/h4>\n<code>module load module_name\/version<\/code>\n\navec module_name: le nom du module.\n\nPar exemple : Pour la version 1.7 de samtools:\n\n<code>module load samtools\/1.7<\/code>\n<h4>D\u00e9charger un logiciel<\/h4>\n<code>module unload module_name\/version<\/code>\n\navec module_name: le nom du module.\n\nPar exemple : pour la version 1.7 de samtools:\n\n<code>module unload samtools\/1.7<\/code>\n<h4>Afficher tous les modules charg\u00e9s<\/h4>\n<code>module list<\/code>\n<h4>D\u00e9charger tous les modules<\/h4>\n<code>module purge<\/code>\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-6\"><\/a>\n<h3>How to : Lancer a job avec Slurm<\/h3>\nLe cluster utilise l&rsquo;ordonnaceur <a href=\"https:\/\/slurm.schedmd.com\/documentation.html\">Slurm<\/a> pour g\u00e9rer et prioriser les jobs des utilisateurs.\n\nCelui-ci contr\u00f4le les ressources disponibles (CPU et RAM) et les allouer en fonction des besoins utilisateurs pour leurs analyses.\n\nConnect\u00e9 \u00e0 bioinfo-master1.ird.fr, on peut lancer une commande avec la commande <code>srun<\/code> ou un script en utilisant la commande <code>sbatch<\/code>.\n<h4>Utiliser srun avec un commande:<\/h4>\nLa commande suivante permet d&rsquo;allouer les ressources Slurm (noeuds, m\u00e9moire, coeurs) et de lancer la commande pass\u00e9e en arguments.\n<pre><code>        $ srun + command<\/code><\/pre>\nExemple:\n<pre><code>        $ srun hostname<\/code><\/pre>\nPermet d&rsquo;obtenir le nom du noeud sur lequel la ressource est reserv\u00e9e.\n<h4>Use sbatch to launch a script:<\/h4>\nLe mode batch permet de lancer une analyse en suivant les \u00e9tapes d\u00e9finies dans un script.\n\nSlurm permet d&rsquo;utiliser diff\u00e9rents langages de scripts tels que bash, perl ou python.\n\nSlurm alloue ensuite les ressources d\u00e9sir\u00e9es et lance les analyses sur ces ressources en arri\u00e8re plan.\n\nPour \u00eatre interpr\u00e9t\u00e9 par Slurm, un script doit contenir une ent\u00eate contenant toutes les options Slurm pr\u00e9c\u00e9d\u00e9es par le nom cl\u00e9 <code>#BATCH<\/code>.\n\nExemple de script Slum:\n<pre><code>#!\/bin\/bash\n## D\u00e9finir le nom du job \n#SBATCH --job-name=test\n## D\u00e9finir le fichier de sortie\n#SBATCH --output=res.txt\n## D\u00e9finir le nombre de t\u00e2ches \n#SBATCH --ntasks=1\n## D\u00e9finir la limite d'ex\u00e9cution\n#SBATCH --time=10:00\n## D\u00e9finir 100Mo de m\u00e9moire par cpu\n#SBATCH --mem-per-cpu=100\nsleep 180 #lance une pause de 180s<\/code><\/pre>\nPour lancer une analyse \u00e0 patir d&rsquo;un script script.sh:\n<pre><code>$ sbatch script.sh<\/code><\/pre>\nAvec <code>script.sh<\/code> le nom du script \u00e0 utiliser\n\nPlus d&rsquo;options Slurm ici: <a href=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/cluster-itrop\/Slurm\/#\">Slurm options<\/a>\n<h4>exemples de script pour slurm :<\/h4>\n<a href=\"https:\/\/itrop.ird.fr\/cluster\/template_abyss_script.sh\">mod\u00e8le pour un script abyss<\/a>\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-7\"><\/a>\n<h3>How to: Choisir une partition<\/h3>\nSelon le type de jobs(analyses) que vous souhaitez lancer, vous avez le choix entre diff\u00e9rentes partitions.\n\nLes partitions sont des files d&rsquo;attentes d&rsquo;analyses avec chacune des priorit\u00e9s et des contraintes sp\u00e9cifiques telles que la taille ou le temps limite d&rsquo;un job, les utilisateurs autoris\u00e9s \u00e0 l&rsquo;utiliser etc&#8230;\n\nLes jobs sont class\u00e9s par priorit\u00e9 et trait\u00e9s gr\u00e2ce aux ressources (CPU et RAM) des l noeuds constituant ces partitions.\n<table>\n<thead>\n<tr>\n<th style=\"text-align: left;\">partition<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">role<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">liste des noeuds<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">Nombre de coeurs<\/th>\n<th style=\"text-align: left;\">Ram<\/th>\n<\/tr>\n<\/thead>\n<tbody>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">short<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Jobs courts &lt; 1 jour (priorit\u00e9 haute,jobs int\u00e9ractifs)<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node13,node14,node15,node16,node18,node27<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">12 \u00e0 24 coeurs<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">48 \u00e0144Go<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">normal<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">jobs d&rsquo;une dur\u00e9e de 7 jours maximum<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node0,node1,node3,node4,node7,node9,node13,node17,node20, node21,node22,node23,node24,node27,node30<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">12 \u00e0 112 coeurs<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">64 \u00e0 512Go<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">long<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">&lt;7 jours&lt; long jobs&lt; 45 jours<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node8,node10,node12<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">12 \u00e0 24 coeurs<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">48 Go<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">highmem<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">jobs avec des besoins m\u00e9moire<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node25,node28,node29<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">24 \u00e0 112 coeurs<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">512 Go et 1To<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">supermem<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">jobs avec des besoins m\u00e9moire important<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node2<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">256 coeurs<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">2 To<\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left;\">gpu<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">Besoins d&rsquo;analyses sur des coeurs GPU<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">node26<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">24 cpus et 8 GPUS coeurs<\/td>\n<td style=\"text-align: left;\">192 Go<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\nA noter que l&rsquo;acc\u00e8s \u00e0 la partition gpu est restreint, une demande peut \u00eatre faite ici: <a href=\"https:\/\/itrop-glpi.ird.fr\/plugins\/formcreator\/front\/formdisplay.php?id=15\">request access to gpu<\/a>\n\nLa partition peut \u00e2tre choisie en suivant ce sch\u00e9ma:\n\n<img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/tutorials\/\/images\/partition_choice.png\" width=\"100%\" \/>\n\nPar d\u00e9faut, la partition choisie est la partition normal\n\nAttention, highmem doit seulement \u00eatre utilis\u00e9 pour les jobs n\u00e9cessitant au moins 35-40Go de m\u00e9moire.\n\nLa partition supermem partition doit \u00eatre utilis\u00e9 pour les assemblages volumineux et les jobs n\u00e9cessitant plus de 100Go de m\u00e9moire\n\nVous pouvez utiliser la commande <code>htop<\/code> sur un noeud pour visualiser la m\u00e9moire consomm\u00e9e par un processus.\n\nPour choisir une partition, utiliser l&rsquo;option -p.\n\n<code>sbatch -p partition<\/code>\n<code>srun -p partition<\/code>\n\nAvec <code>partition<\/code>, la partition choisie.\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-9\"><\/a>\n<h3>How to : Voir et supprimer vos donn\u00e9es contenue dans la partition \/scratch des noeuds<\/h3>\nLes 2 scripts sont dans <code>\/opt\/scripts\/scratch-scripts\/<\/code>\n<ul>\n \t<li>Pour voir vos donn\u00e9es contenues dans les \/scratchs des noeuds:\n<pre><code><code>sh \/opt\/scripts\/scratch-scripts\/scratch_use.sh<\/code> et suivre les instructions<\/code><\/pre>\n<\/li>\n \t<li>Pour supprimer vos donn\u00e9es contenues dans les \/scratchs des noeuds:<code>sh \/opt\/scripts\/scratch-scripts\/clean_scratch.sh<\/code>\n<pre><code> et suivre les instructions<\/code><\/pre>\n<\/li>\n<\/ul>\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-10\"><\/a>\n<h3>How to : Utiliser un conteneur singularity<\/h3>\nSingularity permet aux utilisateurs d&rsquo;avoir un contr\u00f4le total de leur environnement . Les conteneurs Singularity peuvent \u00eatre utilis\u00e9s pour embarquer des workflows entiers, des logiciels, des librairies et m\u00eame des donn\u00e9es.\n\nSingularity est install\u00e9 sur le cluster en plusieurs versions\n\nles conteneurs sont dans <code>\/usr\/local\/bioinfo\/containers<\/code>\n\nIl faut charger en premier l&rsquo;environnement avec:\n\n<code>module load singularity<\/code> ou <code>module load singularity\/version_souhaitee<\/code>\n<h5>Obtenir de l&rsquo;aide:<\/h5>\nUtiliser la commande:\n\n<code>singularity help \/usr\/local\/bioinfo\/containers\/singularity_version\/container.simg<\/code>\n\navec container.simg le nom du conteneur\n\navec singularity_version: la version voulue\n<h5>Connexion shell au conteneur:<\/h5>\n<code>singularity shell \/usr\/local\/bioinfo\/containers\/singularity_version\/container.simg<\/code>\n<h5>Lancer un conteneur avec une seule application:<\/h5>\n<code>singularity run \/usr\/local\/bioinfo\/containers\/singularity_version\/container.simg + arguments<\/code>\n<h5>Lancer un conteneur qui a plusieurs applications:<\/h5>\n<code>singularity exec \/usr\/local\/bioinfo\/containers\/singularity_version\/container.simg + tools + arguments<\/code>\n<h5>Rajouter l&rsquo;acc\u00e8s \u00e0 un r\u00e9pertoire de l&rsquo;h\u00f4te depuis le conteneur.<\/h5>\nUtiliser l&rsquo;option option <code>--bind \/host_partition:\/container_partition<\/code>\n\nExemple:\n\n<code>singularity exec --bind \/toto2:\/tmp \/usr\/local\/bioinfo\/containers\/singularity_version\/container.simg + tools + arguments<\/code>\n\nLe conteneur acc\u00e8dera aux fichier de la partition <code>\/toto2<\/code> de la machine h\u00f4te dans sa partition <code>\/tmp<\/code>\n\nPar default, les partitions \/home, \/users, \/opt,\/scratch, \/projects\/medium, \/projects\/large, projects\/xl et \/share sont d\u00e9j\u00e0 mont\u00e9es.\n\n<hr \/>\n\n<a name=\"howto-11\"><\/a>\n<h3>How to : Citer le plateau i-Trop dans vos publications<\/h3>\nMerci de copier la phrase suivante :\n\n<code>The authors acknowledge the  ISO 9001 certified IRD i-Trop HPC (South Green Platform) at IRD montpellier for providing HPC resources that have contributed to the research results reported within this paper.\nURL: https:\/\/bioinfo.ird.fr\/- http:\/\/www.southgreen.fr\n<\/code>\n\n<hr \/>\n\n<h3>Links<\/h3>\n<a name=\"links\"><\/a>\n<ul>\n \t<li>Cours li\u00e9s : <a href=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/trainings\/linux\/\">Linux for Dummies<\/a><\/li>\n \t<li>Cours li\u00e9s : <a href=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/trainings\/HPC\/\">HPC<\/a><\/li>\n \t<li>Tutorials : <a href=\"https:\/\/southgreenplatform.github.io\/trainings\/linux\/linuxTuto\/\">Linux Command-Line Cheat Sheet<\/a><\/li>\n<\/ul>\n\n<hr \/>\n\n<h3>License<\/h3>\n<a name=\"license\"><\/a>\n<div>The resource material is licensed under the Creative Commons Attribution 4.0 International License (<a href=\"http:\/\/creativecommons.org\/licenses\/by-nc-sa\/4.0\/\">here<\/a>).\n<center><img decoding=\"async\" class=\"img-responsive\" src=\"http:\/\/creativecommons.org.nz\/wp-content\/uploads\/2012\/05\/by-nc-sa1.png\" width=\"25%\" \/>i<\/center><\/div>\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Howtos cluster i-Trop Description HowTos pour le cluster i-Trop Auteur Ndomassi TANDO (ndomassi.tando@ird.fr) Date de cr\u00e9ation 08\/11\/19 Date de modification&hellip; 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