\n
Sommaire<\/h3>\n
<\/p>\n
- \n
- Objectifs<\/a><\/li>\n
- Lancer des jobs avec Slurm<\/a><\/li>\n
- Supervision des ressources avec Slurm<\/a><\/li>\n
- Liens<\/a><\/li>\n
- License<\/a><\/li>\n<\/ul>\n
\n<\/a><\/p>\n
Objectifs<\/h2>\n
Savoir lancer diff\u00e9rents types de jobs avec Slurm.<\/p>\n
Savoir surveiller ses jobs<\/p>\n
\n<\/a><\/p>\n
Lancer des jobs avec Slurm:<\/h2>\n
Lancer des commandes depuis le master<\/h3>\n
La commande suivante permet d'allouer les ressources Slurm (noeuds, m\u00e9moire, coeurs) et de lancer la commande pass\u00e9e en arguments.<\/p>\n
$ srun + command<\/code><\/pre>\nExemple:<\/p>\n
$ srun hostname<\/code><\/pre>\nPermet d'obtenir le nom du noeud sur lequel la ressource est reserv\u00e9e. <\/p>\n
Se connecter \u00e0 un noeud en interactif et lancer des commandes:<\/h3>\n
Pour se connecter \u00e0 un noeud en int\u00e9ractif pendant X minutes :<\/p>\n
$ srun -p short --time=X:00 --pty bash -i<\/code><\/pre>\nLes commandes peuvent \u00eatre ensuite lanc\u00e9es directement sur ce noeud sans taper le pr\u00e9fixe
srun<\/code> <\/p>\nSe connecter \u00e0 un noeud en interactif avec le support x11:<\/h3>\n
Le support x11 permet de lancer des applications graphiques depuis un noeud.<\/p>\n
Il faut d'abord se connecter \u00e0 bioinfo-master.ird.fr avec l'option -X:<\/p>\n
$ ssh -X login@bioinfo-master.ird.fr<\/code><\/pre>\nEnsuite lancer la commande suivante avec l'option
--x11<\/code> <\/p>\n$ srun -p short --x11 --pty bash -i<\/code><\/pre>\nLes partitions disponibles :<\/h3>\n
Selon le type de jobs(analyses) que vous souhaitez lancer, vous avez le choix entre diff\u00e9rentes partitions.<\/p>\n
Les partitions sont des files d'attentes d'analyses avec chacune des priorit\u00e9s et des contraintes sp\u00e9cifiques telles que la taille ou le temps limite d'un job, les utilisateurs autoris\u00e9s \u00e0 l'utiliser etc...<\/p>\n
Les jobs sont class\u00e9s par priorit\u00e9 et trait\u00e9s gr\u00e2ce aux ressources (CPU et RAM) des l noeuds constituant ces partitions <\/p>\n
- Lancer des jobs avec Slurm<\/a><\/li>\n
![](\"http:\/\/creativecommons.org.nz\/wp-content\/uploads\/2012\/05\/by-nc-sa1.png\"\/)