Training in bioinformatics, Montpellier (15-19 octobre 2012)

This course was a combination of lectures, problem solving exercises and practical sessions. It was divided into 3 modules :

• Introduction to bioinformatics and use of bioinformatics tools available on the web. Galaxy for NGS analysis (F. Sabot, P. Larmande,  A. Dereeper)

• Molecular phylogeny  (JF. Dufayard)

• Introduction to linux, command line and computer user, use of bioinformatics software in command-line, and sequence annotation (B. Granouillac, C. Tranchant, R. Guyot)

Module1

• Génomique et bio-informatique (cours, pdf)
• Utilisation de ressources bioinformatiques sur le Web (cours, TD)
• Galaxy et NGS (cours)
• Recherche et analyse de SNP (cours, TD)

Module2

• Phylogenie moléculaire (accéder aux supports)

 

Module3

• Introduction to linux (cours, pdf)
• Données (tar.gz)
• Exercices linux jour 2 (TP, pdf)
• EMBOSS (cours pdf, exercices, annexes)
• Annotation Artemis (cours pdf, données1, données2, annexes)