Training in bioinformatics, Burkina Faso, Bobo-Dioulasso (juillet 2012)

Formation de 4 jours assurée du 02 au 05 Juillet 2012 à Bobo-Dioulasso, dans le cadre du LMI LAMIVECT.

La formation a été financée par le LAMIVECT et le service de formation permanente, avec une participation de la représentation IRD au Burkina Faso.

Formateurs:

Alexis Dereeper (RPB), Bruno Granouillac (Mivegec/TransVIH-Mi)

Programme

Jour1 :

Cours : Introduction à la bioinformatique et à la génomique. Introduction aux principaux concepts et outils bioinformatiques.

Introduction aux bases de données publiques de séquences

TP1 : Recherche de séquences à partir de banques publiques (NCBI), utilisation du programme Blast, annotation de séquences (GenomeBrowser), recherche de motifs...

(Os01g62920.gff3)

Jour2

Cours : Homologie de séquences et phylogénie moléculaire

TP2 : Recherche de séquences homologues par BlastExplorer, analyse phylogénique par la plate-forme Phylogeny.fr

Cours : Galaxy, plate-forme Web d'analyse de données de séquençage

TP3 : Introduction à Galaxy et prise en main

Jour3 :

Cours : Galaxy et NGS (contrôle qualité de données, nettoyage, mapping)

TP3 : Galaxy et NGS

Cours : Analyse de polymorphismes SNP

TP4 : Analyse de polymorphismes SNP (Tablet + Galaxy + SNiPlay)

Jour 4 :

Introduction à Linux

seqfile.fasta 

locus.tab 

Suite logicielle  EMBOSS

TP7 : Utilisation de la suite EMBOSS pour l’analyse bioinformatique de séquences (Recherche SSR et définition amorces)

Participants