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Training in bioinformatics, Burkina Faso, Bobo-Dioulasso (juillet 2012)
Formation de 4 jours assurée du 02 au 05 Juillet 2012 à Bobo-Dioulasso, dans le cadre du LMI LAMIVECT.
La formation a été financée par le LAMIVECT et le service de formation permanente, avec une participation de la représentation IRD au Burkina Faso.
Formateurs:
Alexis Dereeper (RPB), Bruno Granouillac (Mivegec/TransVIH-Mi)
Programme
Jour1 :
Cours : Introduction à la bioinformatique et à la génomique. Introduction aux principaux concepts et outils bioinformatiques.
Introduction aux bases de données publiques de séquences
TP1 : Recherche de séquences à partir de banques publiques (NCBI), utilisation du programme Blast, annotation de séquences (GenomeBrowser), recherche de motifs...
Jour2
Cours : Homologie de séquences et phylogénie moléculaire
TP2 : Recherche de séquences homologues par BlastExplorer, analyse phylogénique par la plate-forme Phylogeny.fr
Cours : Galaxy, plate-forme Web d'analyse de données de séquençage
TP3 : Introduction à Galaxy et prise en main
Jour3 :
Cours : Galaxy et NGS (contrôle qualité de données, nettoyage, mapping)
TP3 : Galaxy et NGS
Cours : Analyse de polymorphismes SNP
TP4 : Analyse de polymorphismes SNP (Tablet + Galaxy + SNiPlay)
Jour 4 :
Suite logicielle EMBOSS
TP7 : Utilisation de la suite EMBOSS pour l’analyse bioinformatique de séquences (Recherche SSR et définition amorces)
Participants
NOM | PRENOM | Labo/Unité/Formation | Partenariat IRD |
SOLANO | Philippe | IRD Intertryp | LAMIVECT |
COURTIN | Fabrice | IRD Intertryp | LAMIVECT |
FOURNET | Florence | IRD Mivegec | LAMIVECT |
COHUET | Anna | IRD Mivegec | LAMIVECT |
SOME | Médard | IRD SIL BurkinaFaso | LAMIVECT |
BRUGIDOU | Christophe | IRD RPB | RPB |
LACOMBE | Séverine | IRD RPB | RPB |
SEREME | Drissa | INERA LVBV | RPB |
TRAORE | V.S.Edgar | INERA LVBV | RPB |
KOALA | Moustapha | INERA LVBV | RPB |
OUEDRAOGO | R.Serge | INERA LVBV | RPB |
HIEND | François de Sales | IRSS/Centre Muraz | LAMIVECT |
NAMOUNTOUGOU | Moussa | IRSS/Centre Muraz | LAMIVECT |
KABORE | Jacques | CIRDES | LAMIVECT |
SAWADOGO | Simon P. | IRSS/Centre Muraz | LAMIVECT |
NIANG | Abdoulaye | IRSS/Centre Muraz | LAMIVECT |
SERE | Modou | CIRDES | LAMIVECT |
DAMA | Emilie | CIRDES | LAMIVECT |
ILBOUDO | Hamidou | CIRDES | LAMIVECT |
YAO | Franck | IRSS/Centre Muraz | LAMIVECT |
BIGUEZOTON | Abel | CIRDES | LAMIVECT |
ADAKAL | Hassane | CIRDES | LAMIVECT |
DAYO | Guiguigbaza-Kossigan | CIRDES | LAMIVECT |
BADO | Guillaume | Virologie HDJ-CHUSS | Trans-VIHmi |